双方交战于玉河（密西西比河），拥有海陆空军的郑芝龙却被朱载堼击败，幸亏其子郑森率兵抵达战场，击退了朱载堼的进攻，掩护中弹的郑芝龙撤退。

二月十八日，郑芝龙伤重去世。

朱常清本欲调动西军前往北洲平叛，兵部尚书袁可立却认为郑芝龙兵败身死，郑森年纪虽幼，但刚刚没了生父，恐怕与叛军死战，所以建议让郑森接任北洲都指挥使之职位。

如袁可立预料一般，郑森接任北洲都指挥使之职后，重新募兵备战，并于白水河击败朱载堼，连克十二城。

北洲布政使张煌言率兵马司突袭朝歌府，生擒卫王亲眷，卫王朱载堼率军投降。

战后，朱常清令孙传庭继续京察，并削北洲诸藩所有护卫，每府仅保留三百人。

隆庆十年三月初八，朱翊釴驾崩于乾清宫，享年八十岁，太子朱常清即大位，并为大行皇帝朱翊釴上庙号穆宗，谥号契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝……