九月十五，山东遭遇蝗灾，山东布政司上奏：“蝗遍野盈尺，百树无叶，赤地千里……”

十六日，朱常清令辽东走海运五百万石入山东平抑粮价。

十月，孙传庭京察北方诸司，杀贪腐赈灾款项之官吏一千二百八十六人，羁押官员五千四百八十人，吏员一十六万计数，请开吏考。

十月二十五日，朱常清批准科举、吏考于次年四月。

二十七日，朱常清批阅奏疏过多而不豫，病榻休养三日。

此时负责记载朱常清生活的起居注官王淼记载：“今上每日卯时起，子时眠，每日睡眠不过三个时辰，处理奏疏六百余份，累年如此。”

万历二年正月，大食民变平息，孙传庭京察南直隶。

三月，三千余官员遭孙传庭论罪，二万余吏员被捕，国子监举人、秀才补位一空，京察暂缓。

四月，科举与吏考如期举行，选调进士九百人，举人八千四百，吏员三十二万。

四月十七，祝续之孙祝祯中二甲进士，擢其赴任碛北布政司长山府同知。

同月，江东诸府大旱不雨，飞蝗蔽天，官令捕之，朱常清急调南洋粮八百万石平抑粮价。

六月，两京、山东、河南、浙江、湖广皆大旱，急调东北常平仓二千万石米麦南下平抑。

七月，北方蝗虫起，两京、山东、河南、湖广、陕西、甘肃、南直隶遭遇蝗灾，受灾耕地面积超五亿亩，受灾百姓超一亿。

朱常清调海内外常平仓粮入中原赈灾，东北及南洋、碛北皆无余粮，唯南洲北调粮五千万石北上。

八月初二，钦天监上疏称太阳黑子活动减弱，可能会造成大气中的辐射量减少，让瘟疫更容易滋生，请朝廷警惕。

初三，朱常清令诸司警惕瘟疫，报纸通报各地，广播每日提醒，另拨钱五百万两，令各地医学院备疫苗及抗生素……

十月初二，陕西定襄府一人偶生一赘肉并隆起，不过一个时辰便立死，其家属报案，定襄府立即封禁关口，铁路停摆。

初三，大同、宁夏、太原、京畿出现同症状者，朱常清令北方铁路停摆，居民不可出屋舍，由衙门派送口罩。

医学院称其为鼠疫，患此症者十死四五，若有一人发，则一家数人并死。

鼠疫持续六十二日，死难者十二万六千余，终被平定。

万历三年至万历六年，秦岭长江以北亦或者大旱，亦或者瘟疫，亦或者蝗灾。

长江以南，亦或者地震，亦或者大雪，亦或者海啸洪涝。

海外，东洲北洲干旱难以缓解，瘟疫横行……

四年时间，百姓生活苦不堪言，若非交通便利，海外粮食产量够多，医疗手段足够先进……恐怕大明朝也会如西洲与昆仑洲一般，人口锐减。

大明朝在过去十七年时间中，因为瘟疫、大旱、大雪、海啸、洪涝、战争等灾害而非正常死亡人口约在五百万人左右。

相比较大明，西洲则是在十七年的战争和瘟疫中死亡近四千万人口，其中德意志地区死亡近40%的人口，其余各国也遭到了鼠疫而死难大量人口。

经过战乱，西洲仅存瑞典、波兰、丹麦、神圣罗马、荷兰、法国、匈牙利、西班牙、英国和奥斯曼等十一个主体国家。