孙传庭的想法很危险，但朱翊釴却认为很有道理，故此批准了他由上到下的京察思想。

五月二十四日，孙传庭正式开展京察。

仅一个半月时间，便有内廷太监大小七百多名被京察招供，吐出赃款二千四百二十六万两。

得知消息，朱翊釴震怒不已，在下旨处死这群太监后，竟气郁不豫，一病不起。

倒下前，朱翊釴令皇太子朱常清监国，并让朱常清继续支持孙传庭京察。

百官闻言，随即开始向朱常清弹劾孙传庭，然而朱常清却反问：“传庭何罪有？”

显然，朱常清也是个明白人，他清楚不解决吏治问题，赈灾的事情就无从说起，不管发下去多少钱粮，最终还是会落入贪官污吏的口袋。

正因为有了他的支持，孙传庭信心大增，随即开展京官及勋臣的京察。

九月十八日，孙传庭上奏曹国公李怀玉，成国公朱纯成、殿阁大学士张缙彦、陈演等勋臣文官二千七百六十五人皆有受贿罪行，并移交罪证于乾清宫。

彼时在京勋臣文官不过九千六百余人，孙传庭不过查了四个月，便查出如此多贪腐之人，这令朱翊釴震怒之下呕血不止，令孙传庭依法办案。

九月十九日，孙传庭与锦衣卫指挥使胡能率燕山卫、吉林卫对在京涉事官员展开缉捕。

十月初九，贵州都指挥使王崇明举兵叛乱，邀天下共讨孙传庭，以清君侧。

十月十五，老挝都指挥使李邦彦响应王崇明。

十月二十二，北洲卫王朱载堼起兵靖难，以清君侧。

一时间，西南及北洲狼烟四起，朱常清令各地都司兵马进行平叛，但各地都司武官阳奉阴违，唯陕西都指挥使曹文诏、河中都指挥使曹变蛟几人请命平叛。

冬月初二，孙传庭乞请统兵平叛，朱常清准允。

消息传出，地方震动不已，孙传庭也成为自王守仁后，第一个统军文臣。

冬月十四，王崇明攻掠贵州全境，麾下兵卒虽不愿叛乱，但木已成舟，而逃兵基本被处于枪决，故此无人敢不听调令。

冬月十七，孙传庭率燕山卫、吉林卫赶赴重庆，于宴席间杀四川、湖广都指挥使左良玉、贺人龙。

冬月二十，孙传庭统帅湖广、四川等地兵马围剿王崇明，两军交战于播州，孙传庭令空军投放招安告示。

彼时王崇明麾下兵卒本不愿作乱。眼见朝廷既往不咎，纷纷临阵倒戈。

孙传庭见状，重兵压上，于播州海龙关大破王崇明，击毙顽抗者一千六百余人，招抚叛军三万八千余人，王崇明死于轰炸中。

腊月初二，孙传庭收复贵州全境，向老挝进兵。

腊月初五，孙传庭率兵抵达普洱府，老挝都指挥使李邦彦被其部下击毙，老挝叛军投降。

对于叛乱的武官，孙传庭将其一并处死，中下层的军官和士兵则依旧任职。

隆庆十年二月，孙传庭平叛归来，时卫王朱载堼攻城掠地北洲二十四府沦陷八府。

北洲都指挥使郑芝龙本在观望，得知王崇明、李邦彦叛乱被平，遂出兵与朱载堼交战。